連鎖不平衡
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連鎖不平衡指，不同基因座位的各等位基因在人群中以一定的頻率出現。在某一群體中，不同座位上某兩個基因同時遺傳的頻率明顯高於預期的隨機頻率的現象，稱連鎖不平衡 。
由於 HLA 不同基因座位的某些基因經常連鎖在一起遺傳，而連鎖的基因並非完全隨機地組成單體型，有些基因總是較多地在一起出現，致使某些單體型在群體中呈現較高的頻率，從而引起連鎖不平衡。
例如兩個相鄰的基因A B, 他們各自的等位基因為a b. 假設A B相互獨立遺傳，則後代群體中觀察得到的單倍體基因型 AB 中出現的P(AB)的概率為 P(A) * P（B）．
實際觀察得到群體中單倍體基因型 AB 同時出現的概率為P(AB)。 若這兩對等位基因是非隨機結合的，則P（AB）≠P（A）*P（B）。計算這種不平衡程度的方法為： D = P（AB）－ P(A) * P（B）．
連鎖不平衡分析在連鎖不平衡程度的評估、複雜疾病精細定位以及研究人類的歷史和遷移中得到了越來越廣泛的應用。連鎖不平衡又稱等位基因關聯（allelic association），其原理其實很簡單。
假定兩個緊密連鎖的位點1，2，各有兩個等位型（A，a；B，b），那麼在同一條染色體上將有四種可能的組合方式：A—B，A—b，a—B，和a—b。
假定等位型A的頻率為Pa，B的頻率為Pb，那麼如果不存在連鎖不平衡（如組成單倍型的等位型間相互獨立，隨機組合）單倍型A—B的頻率就應為PaPb。而如果A與B是相關聯的，單倍型A—B的頻率則應為PaPb+D，D是表示兩位點間LD程度的值。
如果位點2上的等位型B與疾病易患性有關，那麼將會觀察到等位型A的頻率在病人群體中高於對照群體。換句話說，等位型A與該疾病性狀相關。
事實上，可以檢測遍佈基因組中的大量遺傳標記位點，或者候選基因附近的遺傳標記來尋找到因為與致病位點距離足夠近而表現出與疾病相關的位點，這就是等位基因關聯分析或連鎖不平衡定位基因的基本思想。
